本发明公开了一种硅氧烷季铵盐抑菌柔软剂及其制备方法。该方法包括以下具体过程：先将季铵盐单体和环状单体预聚得到活性中间体，再加入聚醚改性封端剂，与环状单体和制得的活性中间体共聚，得到硅氧烷季铵盐抑菌柔软剂。本发明的产品整理到织物后接触式抑菌，不存在溶出性物质，最大程度的减少季铵盐小分子残留率，不含有任何重金属元素和有机溶剂，安全环保，同时也不含有乳化剂，可以在水中自乳化形成稳定的乳液，对人体的刺激程度小，使用方便；并且抑菌性能优异，经过产品整理后的棉麻织物具有优异的柔软性能和亲水性能，可用于高端棉麻纺织品抑菌柔软整理领域。