本发明公开了一种基于局部对比度加权平均的显微镜图像景深合成方法及系统，方法包括获取若干张不同景深的彩色的显微镜图像；将所有显微镜图像逐一进行灰度化得到对应的灰度图像；基于预设的邻域，对所有灰度图像中的每一锚点像素计算方差；取所有灰度图像相同位置的锚点像素的方差进行求和得到总方差；将所有显微镜图像中的每一锚点像素分解为RGB三通道值；基于每一锚点像素进行景深合成得到最终的景深合成图。本发明在景深合成中细节保留充分，无重影，且对噪声具有较大的抑制作用。