本发明涉及一种含有灵芝子实体孢子粉发酵液的胶囊及其制备方法，按照重量份，所述的胶囊包括灵芝子实体孢子粉发酵液70‑90份、菊粉3‑8份、低聚果糖3‑8份和麦芽糊精7‑13份。本发明的胶囊通过灵芝子实体和孢子粉发酵制备而成，能够调节肠道菌群，具有增强免疫力，改善肥胖的作用，灵芝子实体和孢子粉混合发酵，得到的多肽含量增加，具有调节肠道微生态的作用，菊粉、低聚果糖复配灵芝子实体孢子粉发酵液后能够统筹各个原料优点，放大对肠道菌群以及健康的正相作用，同时可以减少副作用；本发明的胶囊制备方法简单，制成的胶囊可以防潮、避光、隔离空气、稳定性好，生物利用度高。