本发明公开了基于嵌入式Linux系统的远程监控方法、系统及存储介质。方法包括：主控制模块启动黑名单模块和后台监控模块；黑名单模块初始化与注册创建白名单设备列表或黑名单设备列表，并关联黑名单设备列表的IO接口管理函数到系统IO接口；黑名单模块判断IO接口管理函数的命令类型以更新黑名单列表或控制后台监控模块的启闭；后台监控模块根据白或黑名单设备列表替换系统调用接口；后台监控模块获取新的用户指令，并判断用户指令是否属于黑名单列表以执行用户指令或忽略用户指令；后台监控模块根据对用户指令的操作输出对应的格式化日志信息。通过实时监控用户指令，并通过黑白名单过滤机制，符合黑名单则命令忽略，能有效地确保数据及程序的安全。