本发明公开了一种四价流感病毒亚单位疫苗转运系统，包括冷冻箱，且冷冻箱上设置有主制冷件，所述冷冻箱上固定连接有隔离箱，且隔离箱上设置有副制冷件，所述冷冻箱上转动安装有箱盖，且冷冻箱上设置有控制面板，所述冷冻箱中转动安装有驱动辊，且驱动辊上绕卷设置有转换皮带，所述转换皮带上安装有疫苗管夹持结构，所述冷冻箱和隔离箱之间设置有出料通道，且出料通道中转动安装有隔离板，所述隔离板上安装有具有重力平衡功能的疫苗管转移结构；本发明设置有双箱体结构，在冷冻箱的侧面还设置有隔离箱，两者可以利用主制冷件和副制冷件进行独立制冷，隔离箱可以用于单个疫苗的拿取，并且不会影响到冷冻箱内的环境。