本发明涉及瓶盖消毒技术领域，公开了一种消毒系统及消毒控制方法，消毒系统包括消毒机、连接于消毒机的进液管以及连接于消毒机的回液管，其特征在于，进液管上设置有能够调节消毒液流量的调节机构和位于调节机构下游的压力检测机构，进液管与回液管之间连接有连接管，连接管位于调节机构的上游。消毒控制方法包括如下步骤：S1、生产时，检测进液管内的消毒液的压力，根据检测值调节进液管内的流量至第一设定值；S2、停机时，检测进液管内的消毒液的压力，根据检测值调节进液管内的流量至第二设定值；其中，所述第一设定值大于所述第二设定值。在停机时消毒液可以在连接管内流动，能够保证消毒液的温度要求，再次启动生产时，能够保证消毒效果。