本实用新型公开了一种应用在冰淇淋机上的巴氏杀菌系统，包括高温管路，以及分别与主制冷管路和/或预冷管路并联的卸压管路，高温管路的入端经气液分离器与压缩机连通，高温管路的出端分别与料斗和/或搅拌缸连接，高温管路上设置有控制阀和第一毛细管，毛细管与料斗和/或搅拌缸连接，卸压管路的入端与冷凝器连通，出端经气液分离器与压缩机连通，卸压管路上设置有自动卸压阀和第二毛细管，第二毛细管经气液分离器与压缩机连接。可按需对料斗和搅拌缸进行冷却或加热杀菌，避免了传统冰淇淋生产中原料在两个设备之间转移的工序，减少在转移过程中原料受污染的机会，并且可减少冰淇淋的制作时间，提高生产的效率。