本发明属于无人机飞控技术领域，具体涉及一种用于无人机飞控的基站自动配置方法。本发明旨在解决人工输入已知坐标到基站时出错率高以及控制点位置不理想时架设基站并配置准确坐标的问题。为此目的，本发明提供的自动配置方法包括下列步骤：寻找控制点；判断找到的控制点是否处于理想位置；根据上述判断的结果，将移动站或基站架设到所述控制点；获取移动站或基站的单点定位坐标并与控制点库进行匹配；以及根据匹配结果配置所述基站的准确坐标。采用本发明的方法能够避免人工输入已知坐标到差分GPS基站时容易出错的问题，并且能够在控制点不理想时将基站架设到理想位置并完成基站准确坐标的配置问题。