本发明提供一种PCIe传输管理方法、系统和装置，方法包括：接受对PCIe传输的发送端和接收端各自的存储域与PCIe总线域的映射关系的配置；发送端设置每个buffer所保存的将要传输的数据包结构，数据包具有检索位、和包大小和数据段；发送端在发送数据时，将传输数据按设置的包大小进行切割，并扫描本地多个buffer，直到获取第一个空闲buffer进行数据填充搬移，查询总线状态，获取到总线空闲后，启动总线传输，并根据尾部标签来判断数据包是否传输完毕；接收端接收数据包后，根据每个数据包的检索位将各个数据包的数据段进行顺序拟合，保存在自己对应的buffer中。本发明可达PCIe传输速率的最大化，从而具有更低的延时。