本发明公开了一种智能物料搬运系统及其运行方法，包括空中轨道A、空中轨道B、空中轨道C、空中小车A、空中小车B、空中小车C、空中小车D、多个旋转台、多个机器人、智能仓储区、产品备送区；所述的空中轨道C、空中轨道A、空中轨道B依次设置，空中轨道C与空中轨道A的一侧皆横跨于产品备送区，空中轨道A的另一侧与空中轨道B的一侧皆横跨于智能仓储区，空中轨道B的另一侧横跨于各旋转台的空中小车放料位和空中小车收料位，各空中小车分别滑接在各空中轨道上。由于本发明采用空中轨道与现场生产设备相结合，并联网MES系统，将物料沿着固定轨道自动依次运送到各目的地，实现物料搬运系统占地面积小、智能化作业。