本发明涉及一种含有复合菌剂的脲醛缓释肥料的制备方法，将烘干后的海藻磨成粉末，海藻粉末按照一定的比例加入水中，装入发酵罐后灭菌；将发酵菌株YIC～BM1和YIC～Alg3分别接种至牛肉膏蛋白胨的液体培养基过夜培养得到种子液1和种子液2；将种子液按照一定质量比加入发酵罐中进行混合发酵，发酵后，调整发酵条件，保存一定时间后，再次调整发酵条件并补充种子液，调整三次后得到巨大芽孢杆菌和嗜糖芽胞杆菌，将巨大芽孢杆菌和嗜糖芽胞杆菌，脲醛粉，氮肥，磷肥，钾肥混匀后造粒即得含有巨大芽孢杆菌和嗜糖芽胞杆菌菌剂的脲醛缓释肥料。本发明发酵过程稳定可控，发酵周期短，产物功效显著，适于规模化生产。