本发明涉及一种含有嗜糖芽孢杆菌菌剂的海藻复混肥的制备方法，将烘干后的海藻磨成粉末，海藻粉末按照一定的比例加入水中，装入发酵罐后，在一定温度，一定时间下灭菌；种子液制备：筛选得到一株能够降解褐藻酸的发酵菌株YIC～ALG3嗜糖芽孢杆菌，接种至液体培养基培养一定时间；将种子液按照一定质量比加入发酵罐中，在一定条件下发酵，发酵后，调整发酵条件，保存一定时间后，再次调整发酵条件并补充种子液，调整三次后得到嗜糖芽孢杆菌，将嗜糖芽孢杆菌通过外包裹的方式加入到复混肥中，即得含有嗜糖芽孢杆菌菌剂的海藻复混肥。本发明发酵过程稳定可控，发酵周期短，产物功效显著，适于规模化生产。