本发明提供一种用于中低产田产能提升的微生物肥料及制备方法，由钙镁磷肥颗粒与菌渣有机肥和微生物菌剂混合后制得，所述钙镁磷肥由磷矿选矿后的高钙镁硅磷矿石活化制得，所述钙镁磷肥颗粒表面包覆一层由丙烯酰胺单体、[2‑（甲基丙烯酰基氧基）乙基]二甲基‑（3‑磺酸丙基）氢氧化铵单体和2‑丙烯酰胺‑2‑甲基丙磺酸单体聚合交联得到的水凝胶层，所述微生物菌剂包括蜡状芽孢杆菌和EM菌剂，本发明利用水凝胶的高持水性能，在钙镁磷肥设置一层水凝胶层，使得在钙镁磷肥外覆盖一层酸性水膜，促进磷素释放，提升中低产田产能并实现长效的土壤修复。