本发明提供一种设施栽培水肥一体化系统及施肥方法，属于农作物肥料技术领域，将水溶肥通过滴灌管网进行施肥，其中，所述水溶肥的制备方法是以农林有机质废弃物为原料，通过调节水分、pH、C/N并加入作为发酵调节剂得到发酵原料，再通过依次接种第一复合菌种和第二复合菌种并分别进行好氧发酵得到发酵液，将所述发酵液进行曝气后加入第三复合菌种并培养3‑5天，制得水溶肥；所述水溶肥具有高的有机底物利用率和发酵液固含，适于通过滴灌管网进行施用。