本发明提供一种分段酶解海藻提取物的制备方法，属于肥料增效剂制备技术领域，包括以下步骤：（1）将海藻粉碎后加入碳酸钠与碳酸氢钠的混合溶液中保温浸泡；（2）调节pH后加入复合酶进行酶解，分离滤液得到提取液；（3）将所述提取液冷冻干燥制粉，制得所述海藻提取物；本发明结合碱解和酶解的优势，对海藻进行分段提取处理，减少提取条件对提取产物活性的影响，同时加快提取效率。