本发明涉及农用肥料技术领域，具体而言，涉及一种碳硅多孔立方体结构缓释肥料及其制备方法。包括如下组分：基础肥料50～115份和碳硅复合材料1～20份；基础肥料包括氮肥、磷肥、钾肥和中微量元素肥中的至少一种；碳硅复合材料主要由碳基材料和改性硅基材料制备而成；碳基材料包括生化黄腐酸、生化黄腐酸盐、氨基酸、酵母粉和糖蜜发酵液中的至少一种；改性硅基材料包括改性钙镁磷肥、改性硅藻土和改性粉煤灰中的至少一种。通过添加以碳链为基本骨架、吸纳硅粒子而形成的富含C‑O‑Si键的碳硅复合材料，使其呈多孔网状立方体金刚石晶体结构，原子间结合力强，化学性质稳定，肥料负载量大，吸附能力强，具有较好的缓释效能等优点。