本发明涉及一株巨大芽孢杆菌、其多肽农用微生物菌剂及制备方法与应用。本发明以蛋白含量丰富的酒糟、豆粕粉、秸秆粉为主要原料，配以玉米粉、麦麸，与无机盐以及少量碳源经过合理复配后蒸熟；先利用高产蛋白酶枯草芽孢杆菌，再利用巨大芽孢杆菌在特定的发酵条件下将原料中的不同蛋白质分解，制成以活性肽、氨基酸、多糖等为高效成分的农用微生物菌剂，该菌剂中含大量活体芽孢、17种游离氨基酸、多种活性肽、多糖，养分含量丰富，菌体活性高，货架期达到2年以上，经过大田实验，取得了良好的提质、增产效果。