本发明公开一种高压直流电源装置的协同控制系统及方法，其中系统包括：装置启动控制模块，用于当高压直流电源装置启动时，确定需要使能的功率单元数量,并使得已使能输出的功率单元按照电压均值输出；输出电压控制模块，用于根据已使能的功率单元的数量和高压直流电源装置的输出电压新值，重新确定需要使能的功率单元及其输出电压；功率均衡控制模块，用于实现各功率单元的输出电压和功率均衡；故障旁路控制模块，用于保证功率单元故障后装置不停机运行。本发明可以拓宽高压直流电源装置输出范围、实现限流模式下功率单元功率分配均衡，故障情况下无扰动旁路功能，实现高压直流电源装置高可靠运行。