本发明提供一种透明有机硅涂覆胶组合物及其制备方法和应用，所述透明有机硅涂覆胶组合物按照重量份包括含有两个以上脂肪族不饱和基团的有机聚硅氧烷、活性稀释剂、乙烯基含氟化合物、环氧改性硅烷低聚物、硅烷偶联剂、硼酸、乙烯基三特丁基过氧化硅烷和过氧化物引发剂的组合；通过上述各个组分之间的搭配，使得到的透明有机硅涂覆胶组合物不需要隔绝空气和湿气保存，还具有固化速度快和成本低的优势，且固化后得到的胶膜不仅硬度适宜，还具有优异的耐酸碱性能、耐油性能和粘接性能。