本发明公开了一种互联互通共线与跨线运行的列车自主运行系统，可支持装配不同厂家车载控制器OBC的列车在装配不同轨旁信号设备的一条或多条轨道交通线路上共线或跨线运行，包括车载控制器OBC、目标控制器OC、列车自动监控系统ATS以及互联互通接口适配模块；车载控制器OBC通过互联互通接口适配模块接收列车自动监控系统ATS下发的操作命令并执行，车载控制器OBC通过互联互通接口适配模块获取目标控制器OC的行车资源，并通过互联互通接口适配模块向列车自动监控系统ATS提供列车状态信息；本线目标控制器OC通过互联互通接口适配模块与邻线目标控制器OC进行交互，共享移交重叠区域行车资源状态。