本申请公开了一种计算机指令数据的处理方法和系统，包括：在超文本预处理器PHP模块中加入第一协议转换文件的获取地址；当所述PHP模块向JAVA服务器发送请求时，获取所述第一协议转换文件的内容，利用其中的PHP类型的中间协议转换函数解析该请求中的PHP指令数据，转换为中间协议指令数据，再发送给JAVA服务器；在JAVA服务器中加入第二协议转换文件的获取地址；当JAVA服务器接收到PHP模块的请求时，获取所述第二协议转换文件的内容，利用其中的JAVA类型的中间协议转换函数解析该请求中的中间协议指令数据，转化为对应的JAVA指令数据。本发明可以提高PHP和JAVA之间的数据调用的处理效率，降低处理开销。