本实用新型公开了一种全自动PCR方舱检测实验室，包括方舱主体，所述方舱主体通过隔板分为上、中、下三层，且上、中、下两层之间的空气不相互连通，所述中层通过隔板分隔成设备间、控制室、耗材更换和试剂准备室、样本上样室、核酸提取室和PCR扩增室六个功能室。对核酸检测实验室进行合理分区，通过机器人、传输带、智能设备等自动完成核酸检测全流程工序，实现核酸检测分析全流程无人化，降低核酸检测过程生物安全感染风险、节约专业检测人力、提高检测准确性。