本发明涉及一种基于DB2联邦特性的多源异构数据库数据同步系统及方法，数据同步系统包括：联邦数据库：包括多个源数据库和一个目标数据库，所述的源数据库均连接至目标数据库；时间控制模块：用于向数据同步模块发送时间片任务报文；数据同步模块：读取时间片任务报文，从多个源数据库查询数据并同步至目标数据库。与现有技术相比，本发明轻量级实现多源异构数据库准实时同步。