本发明提供了一种基于智能合约的Fabric区块链配置方法及系统，该方法包括：调整创世区块文件和通道创建信封文件中的配置项修改策略，以指定Fabric区块链的管理机构组；接收录入管理机构组外围系统的待处理机构的相关信息，并在将所述信息与现有Fabric区块链的配置信息对比后生成配置更新文件，同时收集相应数字签名；通过外围系统调用智能合约将所述配置更新文件及相应数字签名上链，同时发起参与者为管理机构组中所有机构的跨机构区块链配置管理流程；读取管理机构组中其他管理机构上链的数字签名；通过外围系统根据配置更新文件与收集到的数字签名及读取到的数字签名调用区块链配置更新API，执行配置更新操作。