本申请公开一种基于令牌表的异构数据库双向同步方法及装置。所述方法包括：在复制链路的目标端异构库内部创建只供同步链路访问的令牌表；监听并读取业务变更写入异构数据库后本地生成的数据库变更日志；在向目标端异构库同步时，获取同步链路编号，在业务变更事务中嵌入令牌信息；当反向同步链路以当前目标端异构库作为源端异构库时，自动过滤相关复制链路带有令牌信息的操作事务。本申请基于复制链路标识进行复制过滤，无需依赖业务特性，具备通用性，对业务没有明显的限制，相比“全局事务唯一标识”的方案，无需异构库代码层提供全局事务标识的支持，对所链接的异构数据库没有明显的限制。