本发明提供一种非常规异常检测方法、系统及存储介质，包括：S1检测输入数据存在异常维度的异常点；S2确定异常程度超过第一阈值的异常点为第一异常点，异常程度未超过第一阈值的异常点为第二异常点；S3确定特征提取模型；S4采用S3的特征提取模型计算第二异常点的特征指标数据；S5聚合第二异常点的特征指标数据，若聚合后的第二异常点的特征指标数据超过第二阈值，则确定为第三异常点；S6排除与第一异常点重叠的第三异常点，确定为非常规异常。本发明解决了难以对发生频率低、单个指标异常程度不高、交易小的故障情况进行准确有效异常检测的技术问题，对非常规异常检测的针对性强、准确率高、识别速度快。