本申请公开报数系统的运行方法及报数系统，方法包括：在用户终端上安装报数系统的客户端，将客户端与报数服务器进行对接配置；设定报数的应用程序类型及报数数据类型；设置报数数据的加密策略；开启报数系统，当用户通过客户端触发到属于设定的应用程序类型的应用程序时，在客户端形成包括应用程序类型、报数数据类型、加密指标以及报数内容四个参数在内的初始报数数据，然后采用预设的封装格式对初始报数数据中的报数内容进行数据封装，形成封装报数数据；将封装报数数据存入客户端的可阻塞队列中，根据设置的加密策略对封装报数数据进行处理，然后再将处理后的封装报数数据从阻塞队列存入客户端数据库中再上传至报数服务器。