本申请提供一种多目标呼吸频率估计方法、装置、设备和存储介质。该方法包括：获取雷达回波信号；根据所述雷达回波信号确定当前时刻的各疑似检测点；将各疑似检测点与上一时刻的已有轨迹集进行关联，得到当前轨迹集；基于所述当前轨迹集中各轨迹的轨迹质量，从各疑似检测点中确定与多目标数量匹配的目标检测点；提取所述目标检测点对应的呼吸波形，并基于所述呼吸波形估计呼吸频率。该方法能够将各疑似检测点与已有轨迹集进行关联，并对得到的当前轨迹集中各轨迹的轨迹质量进行评价，基于评价结果确定真实的目标检测点，有效抑制随机干扰对呼吸信号的影响，精准定位多人目标胸腔检测点，从而提高了多目标以及干扰条件下的呼吸估计性能。