本发明公开了一种低VOC含硅改性水性醇酸树脂及其制备方法，属于精细化工领域，以解决现有普通水性醇酸系列产品存在的干燥慢、硬度低、耐候性差等问题。一种低VOC含硅改性水性醇酸树脂，由下述重量份的原料组成：植物油酸30~50份、多元醇19~24份、一元及多元酸22~25份、有机硅0.2~0.3份及中和剂16.7~25份。本发明低VOC含硅改性水性醇酸树脂，具有醇酸树脂的优良特性，增加了漆膜的致密性，降低渗透性，提高了漆膜的屏蔽作用，综合防腐性能有明显优势，制备的底漆耐水可达半年以上。