本实用新型涉及智能马桶技术领域，且公开了一种智能马桶的清洁除菌装置，包括马桶底座，所述马桶底座顶部的一侧固定安装有主机，且主机顶部的一侧和另一侧分别铰接安装有座圈和转轴，所述转轴的顶部固定连接有座盖，所述主机的内部分别设置有智能马桶清洗杆和气雾除菌发生装置。本实用新型所设置的气雾除菌发生装置在配合座盖、转轴、转轴上的霍尔开关装置与马桶底座闭合作业后，可自动针对马桶底座排泄空间的内壁、水封、主机、座盖合围成的独立空间内的智能马桶清洗杆、座圈、座盖内面以及马桶底座排泄空间的内壁进行除菌作业，充分利用气雾除菌技术，简便、有效的实现对智能马桶清洗杆上的喷杆和喷头以及座圈的除菌。