本发明公开了氢燃料电池发动机系统运行健康状态的评估方法，首先抓取氢燃料电堆发动机系统在一定周期内的性能数据：电堆启停机频率f1、电堆变载频率f2、非健康功率区间占比f3、系统升降载速率f4；设定系统性能数据的限定极值fm1～fm4；设定系统各项性能对系统寿命的影响因子K1～K4；根据性能数据和设定的极限值、影响因子，计算氢燃料电池发动机系统运行健康状态指标值L＝K1×f1/fm1+K2×f2/fm2+K3×f3/fm3+K4×f4/fm4；根据计算的氢燃料电池发动机系统运行健康状态指标值L，完成提醒操作。本发明将燃料电池系统健康状态定量化表述，并从系统层面给予快速正反馈，可高效且快速改善系统控制和运行状态，有利于提升系统寿命和培养驾驶员健康驾驶习惯。