本发明公开了一种燃料电池系统的开关机吹扫控制方法，包括以下步骤：标定燃料电池系统在不同状态下的关机吹扫时间及开机吹扫时间，得到关机吹扫时间表和开机吹扫时间表；根据燃料电池系统的状态，查关机吹扫时间表得到关机吹扫时间，进行吹扫，记录关机吹扫状态及吹扫时间；根据上一次关机吹扫状态、吹扫时间及外界环境参数，确定本次开机吹扫时间，进行吹扫。通过台架标定数据查表及外界环境温度、湿度信息、上次关机时间及关机状态等，调整燃料电池系统开机吹扫时间及流量、流速等，确保燃料电池系统开机后是出于最佳状态。