本发明涉及一种电力系统中的滤波及无功补偿控制器和补偿控制方法，实际电力系统补偿控制技术领域。该补偿控制器包括连接主控模块的负荷端无功功率检测模块和多路无功补偿回路及滤波回路，主控模块的补偿投切输出端和负荷端无功功率检测模块的检测端均连接外部负荷。该补偿控制方法中，主控模块根据负荷端无功功率以及各路无功补偿回路和滤波回路的补偿容量确定补偿投切方式；然后选择无功补偿回路中的一路或多路或滤波回路的一路或多路连接补偿投切输出端，实现补偿控制。利用本发明的补偿控制器及方法分别控制滤波回路和补偿回路的投切，使两者采用各自的投切方式，又能互相补充，保证了在应用于波动较大的负载时能够兼顾补偿效率和滤波效率。