本发明公开了一种智能制造中药的自动投料式中药提取系统，其包括自动化立体仓库、配料中心、主控中心和转运投料装置、提取罐，其中，配料中心预先根据预存的中药配方生成预配料记录发送至自动化立体仓库以进行零头称配，且当零头称配完成后将配制批号与相应标准料箱进行绑定以得到最终的配料记录，从而当需要投料时，可直接根据该配料记录进行出料，并由转运投料装置进行转运并完成自动投料，整个工艺过程中无线现场称配，仅仅需要预先进行零头称配，从而使得投料时，可根据预先生成的配料记录直接出料以进行投料，提高了生产效率。相应地，本发明还提供了一种中药提取方法和一种计算机可读存储介质。