本发明提供了一种分离纯化玛咖块根中生物活性成分的方法，通过优选玛咖原材料、对原材料进行多阶破壁和提取，最终实现提高原料中玛咖生物碱产率、降低原料成本目的。同时本发明的方法所获得的玛咖生物碱中，具有保健作用的成分（如玛咖酰胺）比例较高，经动物实验表明，本发明提供的产物能够明显提高动物的抗疲劳能力、促进其生长，并能调节生物体内激素的分泌。