本实用新型公开了一种医药厂房净化洁净室的消毒装置，包括若干洁净室，还包括通过输气管道连接的消毒罐与空调机组，所述空调机组内设置有用于向其出风口输送消毒气体的风机，所述空调机组的出风口先通过送风主管再经若干送风分管分别与设置在各洁净室上的送风口相连；各洁净室内均设置有通向外界的回风分管，各回风分管均通过回风主管与所述空调机组的回风口相连。本实用新型的医药厂房净化洁净室的消毒装置结构设计合理，使用方便，克服了现有技术存在的不足，实现洁净室高效、安全的消毒工作。