本发明属于多肽制备技术领域，具体公开了一种核桃仁多肽及其制备方法。本发明通过超声波辅助复合酶提取核桃仁多肽的方法，有效地提高核桃仁多肽的提取率，同时通过核桃仁多肽与壳聚糖溶液、离子型交联剂间的反应，将核桃仁多肽制备成微粒，能够有效地掩盖核桃仁多肽酶解过程中存在的苦味，抑制微生物的生长，并且能够提高对核桃仁多肽的载量，进一步增强核桃仁多肽的作用效果，拓宽其应用范围。