本实用新型公开了一种螺旋藻加工的自动灌装装置，包括传送履带，所述传送履带上方设置有灌装机，所述灌装机出料口固定安装有灌装头，所述灌装机顶部固定安装有螺旋藻箱，所述传送履带上设置有安装座，所述安装座上开设有安装口，所述安装口设置有用于自动清理灌装头的清理机构，所述螺旋藻箱内设置有用于搅拌螺旋藻的搅拌机构，该螺旋藻加工的自动灌装装置有利于实现对灌装头的自动清理，防止灌装头堵塞，提高灌装效率，实用性强。