本发明属于医药制备技术领域，公开一种治疗灰指甲的药物组合物及其制备方法，该药物组合物包括如下重量份的原料：工业大麻提取物5‑10份，黄藤素10‑20份，5％碘酊35‑50份，纳他霉素0.01‑0.05份。本发明药物组合物中在5％碘酊的基础上添加特定比例的工业大麻提取物、黄藤素和纳他霉素，碘酊治疗灰指甲的作用得到充分体现，与工业大麻提取物、黄藤素和纳他霉素结合使用，对不同皮肤真菌有不同程度的抑制及杀灭作用，对致甲癣真菌达到强效杀菌、抑制复发并达到修复指甲。本发明药物组合物为外用制剂，直接作用在病菌部位，作用效果强，毒副作用小，剂型温和，使用方便，克服了碘酊对皮肤的刺激感，避免引起接触性皮炎和化学性甲沟炎。