本发明公开了一种双向车载充电机的控制方法及系统，该控制方法包括：在充电模式中，PFC控制模块识别系统的输入模式，并将输入模式通过LLC控制模块和应用层接口模块告知整车控制器；整车控制器根据输入模式发送充电使能指令给应用层接口模块、LLC控制模块及PFC控制模块；应用层接口模块、LLC控制模块及PFC控制模块开启相应的充电操作；在放电模式中，整车控制器根据输出负载类型设置系统的输出模式，并发送放电使能指令给应用层接口模块、LLC控制模块及PFC控制模块；应用层接口模块、LLC控制模块及PFC控制模块开启相应的放电操作。本发明避免了系统工作时的逻辑漏洞和隐性故障点，增强了双向充电机的可靠性。