本发明涉及一种用于眼药水的鲨鱼软骨素的提取方法。包括如下步骤：取鲨鱼软骨，粉碎成细粉，加入水中，搅拌均匀，再置于蒸馏釜中进行蒸馏，除去蒸发的蒸汽之后，放冷，得到浸提液；使浸提液的pH在4.0以下，用超滤膜过滤之后，再将超滤滤液送入填充有氧化铝颗粒的床层中进行吸附，得到透过液；调节透过液的pH至10.0以上，再送入大孔吸附树脂进行吸附除杂，得到除杂液；将除杂液的pH调节在6.0～7.0，减压浓缩、结晶、离心、干燥后，得到鲨鱼软骨素。本发明通过蒸馏的方式去除软骨中的小分子杂质，并可以同时对软骨的纤维结构起到一定的破坏作用，可以使软骨素尽可能多的析出，最终可以获得高收率、高纯度的软骨素。