一种适用于显微手术适配器的激光扫描控制系统涉及激光治疗机控制系统技术领域，解决了激光治疗机对肥厚组织及不易拉伸无法实现有效治疗的问题，控制系统的参数输入控件单元用于输入按键参数，经主控制器解析得到出光参数，协处理器根据出光参数进行瞄准光运行轨迹计算、激光功率计算和扫描电机目的坐标计算；扫描电机驱动单元接收瞄准光运行轨迹计算结果并实现瞄准光轮廓的输出；出光触发单元闭合时，激光电源单元开启接收到激光功率计算结果并据此为激光管提供电离所需电压，同时扫描电机驱动单元接收扫描电机目的坐标计算结果并据此控制扫描电机以实现以扫描形式输出激光扫描点图形。本发明能够治疗机实现大面积扫描和深层次治疗。