一种可实现扫描电机零点位置补偿的控制系统及方法涉及零点位置补偿控制领域，解决了扫描电机零点位置偏移的问题，控制系统包括：手动指令输入装置，用于输入扫描电机位移指令得到输入数据；隔离传输模块，用于隔离传输输入数据；主控制器，用于接收输入数据并判断是否为正确输入数据，若为正确输入数据则进行解析得到扫描电机位移信息并发送；协助处理器，用于接收并处理扫描电机位移信息获得扫描电机目标坐标位置信息；驱动板，用于接收扫描电机目标坐标位置信息和获取扫描电机当前位置的坐标信息，据此进行计算解析实现驱动扫描电机运动。本发明能够调整扫描电机零点位置、补偿零点位置的偏移、降低二氧化碳激光治疗机的治疗风险。