本实用新型公开了一种发酵饮料用菌种储存设备，包括储存筒，所述储存筒的顶部连通有入管，所述储存筒的左内壁固定安装有滤盒体，且入管的底端延伸至储存筒内并与滤盒体连通，所述滤盒体右侧的底部连通有斜斗管，所述储存筒的内壁固定连接有加强板，且加强板将储存筒的内部分割成两个腔体，所述加强板的内部设有引流管。该发酵饮料用菌种储存设备，通过入管向滤盒体内输入发酵饮料用菌种，菌种通过滤盒体进行过滤再通过斜斗管由引流管输送至储存筒内，启动第一驱动电机，第一驱动电机输出端的转动带动活化轴进行旋转，使得孔叶对菌种和发酵剂进行混拌活化，混拌均匀效果好，使得饮料的品质更佳。