本发明公开一种养精种玉方剂的指纹图谱构建方法和检测方法。该构建方法包括如下步骤：供试品溶液制备；对照品溶液制备；指纹图谱的构建：吸取所述的供试品溶液、对照品溶液，注入高效液相色谱仪测定，得到具有共有特征峰的养精种玉方剂指纹图谱。发明人在长久经验积累的基础上以及大量实验后，挑选阿魏酸、芍药苷、莫诺苷、马钱苷作为参照品构建指纹图谱，不仅能够很好的表征养精种玉汤这一经典剂型的质量而且还能够表征其现代制剂养精种玉煎膏、养精种玉颗粒剂的质量。特别是，配合选用合适的色谱条件构建指纹图谱，不仅能够定性、定量表征养精种玉汤，而且还能定性、定量的表征养精种玉煎膏、养精种玉颗粒剂。