本发明公开一种多功能节能高温灭菌系统，灭菌罐体采用热杀菌方式，灭菌罐体内设置有高温灭菌机构和热交换机构，物料从入料管道进入高温灭菌机构内由从蒸汽入口进入的高温蒸汽瞬时加热灭菌后输出至热交换机构，在灭菌罐体外还设置连接有预热系统，低温入料依次经过预热系统、热交换机构，再输送至高温灭菌机构，高温灭菌后物料则依次通过热交换机构、预热系统，低温入料与高温灭菌后物料逐级进行热交换使得高温灭菌后物料降温，并对低温入料进行预热。本发明所述的多功能节能高温灭菌系统回收利用灭菌后的物料的热能来对低温的入料进行预热，极大地降低了蒸汽、水的用量，提高能源的利用效率，降低设备功耗，节能环保，降低生产成本。