本实用新型公开一种醪糟微波杀菌机，包括预热段、杀菌段和预冷段，预热段和杀菌段之间设置有微波加热段，预热段、微波加热段、杀菌段和预冷段依次设置并穿过有传送带，预热段、杀菌段和预冷段的传送带上方设置有喷淋管道，每一所述预热段、杀菌段和预冷段中的喷淋管道之间设置有阀门，预热段、杀菌段的传送带下方分别设置有独立的回收水箱，每一回收水箱分别对应其设置于的预热段、杀菌段中的喷淋管道，预冷段通过循环系统连接预热段的回收水箱，本申请公开的醪糟微波杀菌机，缩短了醪糟杀菌时间，提高杀菌效率，同时产品内外杀菌温度一致均匀，避免喷淋杀菌外热内冷的问题，食品的营养成分损失少，有效延长了醪糟变黄的周期。