本发明涉及藻类生物养殖技术领域，尤其是一种养殖海水小球藻的方法，包括在实验室中进行保种、育种；将小球藻藻种接种至一级扩种工序球形瓶中培养；再将一级扩种工序球形瓶中的藻液接种至管道式光生物反应器中培养；最后将管道式光生物反应器中的藻液接种至跑道池中培养。本发明通过在不同工序和不同条件进行养殖小球藻，可缩短养殖周期，增加养殖密度，保证细胞活性，使藻液一直处于细胞生长周期中的对数生长期，细胞活性好，易分裂，提高了小球藻的培养产率。