本发明适用于医药化工技术领域，提供了一种海豹油微胶囊及其制备方法，该方法采用海藻酸钠、酪朊酸钠、乳酸钙、麦芽糊精、改性大豆分离蛋白和缓释氢氧化钙粉末作为包埋材料，将经提纯处理后的海豹油层层包埋起来，形成多壳层的微胶囊，包埋率高，可以很好地将海豹油与空气隔绝，避免其在加工、运输、消费过程中的氧化劣变，延长了其货架期；并且相比于传统的喷雾干燥方式，温度更低，因此可以更好地保证海豹油的品质，且节约了生产成本；此外，通过添加缓释氢氧化钙粉末可以提高该微胶囊产品被人体消化吸收的效果，从而提高人体对海豹油的吸收率，使得海豹油能够更好地发挥其营养和医学价值。