本发明提供了一种猪圆环病毒2型重组Cap蛋白的基因序列及应用，具体为：采用替换Cap蛋白序列逃逸表位的方法，首次将猪圆环病毒2型Cap蛋白位于163‑175位的氨基酸替换为一段T细胞表位HA‑肽，而且所述的T细胞表位HA‑肽与原Cap蛋白中的逃逸表位基酸相似度高，二级结构相同，且替换后没有改变Cap蛋白的空间结构，重组后的Cap蛋白序列有效防止了Cap蛋白自身逃逸表位引发的抗原抗体识别，克服了现有技术中将Cap蛋白包装为病毒样颗粒工艺的不足，简化了工艺，降低了生产成本。本发明首次将一种猪圆环病毒2型重组Cap蛋白基因序列应用于亚单位疫苗的制备，该疫苗较未改造时的免疫保护效力有显著提升。